En el Departamento de Plancton y Ecología Marina se realizan estudios de biodiversidad planctónica mediante métodos tradicionales como identificación morfológica y recientemente mediante secuenciación genética. También se realizan proyectos de investigación de caracterización ambiental, producción biológica, productividad primaria, evaluación de recursos pesqueros actuales y potenciales. Mediante el estudio de la ecología del ictioplancton, zooplancton y fitoplancton, los investigadores contribuyen a describir el fenómeno del Cambio Climático, tema que también se aborda en colaboración con otros científicos del CICIMAR-IPN.

Los investigadores de este departamento, se enfocan en actividades para el conocimiento del plancton de aguas marinas y costeras de Baja California Sur y en los últimos años se amplió la cobertura a otras áreas de la zona costera de México.